
ICB-scSeq(Intelligent Combinatorial Barcoding-single cell Sequencing,智能组合标签法单细胞测序)是由上海其明信息技术有限公司研发的单细胞测序技术,它是一种通过组合标签(combinatorial barcoding)标记RNA细胞起源的单细胞测序的方法,可用于可控规模化分析单细胞的功能。
技术路线

技术路线

技术参数
- 细胞固定策略:ICB Cell Fixation Reagent
- 测序策略:Illumina Sequencing
- 测序深度:50000raw reads/cell
质控及要求
- 固定后细胞总量不小于1×105 cells ,浓度胞稀释至 1,000,000 cells/mL,体积小于100 μL
- 固定前细胞活率:>80%(传代细胞>90%)
- 固定后细胞活率:>70%(传代细胞>80%)
技术优势
- 兼容固定细胞
- ICB-scSeq能够兼容固定的细胞或者细胞核作为实验材料,并不仅限于新鲜的样品,可干冰运送,带来时间和地域上的灵活性。
- 细胞通量高
- ICB-scSeq单次最高能够捕获30万细胞,研究深度更高;同时通量可控(3,000-300,000细胞/次),可根据研究需求调整细胞通量。
- 超高捕获率
- ICB-scSeq细胞捕获率高达97.5%,更适合珍贵样本。
- 生信分析经验更丰富、结果更可靠
- 十三年分析经验的生信团队针对单细胞研究开发出“基础+高级+多样本”分析策略,分析结果全面可靠。
基础生信分析




高级生信分析





多样本整合分析



单细胞测序技术项目文章
如果我们希望检测到占比只有0.3%细胞亚群,并且预期的亚群数为20个、每个亚群至少含有100个细胞的话,我们的细胞数至少得达到43414个,检出率才能达到95%。也就是说,如果我们总共检测43414个细胞,那么最后能够检出123个只占总数0.3%的稀有细胞。

小编在盘点单细胞测序七月发表高分文献时,感受到了单细胞测序真的是像现在的天气一样——太热了!Nature同一个月发表了6篇单细胞测序相关文章。

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单细胞研究如火如荼,必不可少的就是看文献。小编给大家整理了各大期刊六月发表的单细胞研究相关文献,希望能给大家带来灵感。

通过对112,217个单细胞转录组(包含了直到怀孕中期的小鼠胚胎内的所有内胚层群体)的测序结果,作者描绘了哺乳动物内胚层的个体发育情况的景观图。

普通人做单细胞测序,3000-5000个细胞;文献中的大佬们做单细胞测序,1万个细胞,10万个细胞,50万个细胞,200万个细胞……

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文章通过单细胞测序分析,基于转录组分析(文章同时做了“bulk” RNA Seq和single cell RNA Seq)和染色质分析(ATAC-Seq)发现了新的树突状细胞(Dendritic Cell, DC)亚型。

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目前现有的单细胞测序技术有Smart-seq、Fluidigm C1、10× Genomics、BD Rhapsody、ICB-scSeq这些等,测序公司也是很多很多家,那么如何才能选择最合适的技术呢?

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