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技术平台

 HiSeq X Ten是Illumina于2014年推出的最新测序系统,其功能定位为工厂规模的测序系统,实现了Illumina测序仪迄今为止最高的测序通量和最低的测序成本。HiSeq X Ten系统由10台超高通量测序仪HiSeq X组成,测序读长为2×150bp,单台仪器每次运行可产出高达1.8Tb的数据,运行时间在三天以内,即每台仪器每天产出约600Gb的数据。10台仪器同时运行时,每周至少可完成320个人类基因组测序(以30×覆盖度计算),每年完成的数量可超过18000个。因此,HiSeq X Ten将使研究人员更易于开展大规模人类基因组测序,并将有利于深入挖掘与癌症及复杂疾病相关的遗传变异。

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HiSeq 2500系统是一台强大而高效的超高通量测序系统,支持最广泛的应用和研究规模。利用Illumina成熟的边合成边测序(SBS)原理,无可匹敌的数据质量让HiSeq 2500成为全球大型基因组中心和领先机构的首选仪器。新推出的 HiSeq v4试剂 可以在更短时间内获得更多读取和更多数据。

Affymetrix GeneChip生物芯片检测系统,是由高密度GeneChip芯片和试剂,杂交、扫描仪器,数据处理和分析工具组成的一整套检测平台,是世界上第一种经欧盟和美国FDA审批的可用作体外诊断的芯片系统。
Affymetrix GeneChip芯片系统的硬件平台由高度自动化的流体工作站、高通量芯片扫描仪,和相关探针序列描述和注释数据库等组成。高度自动化的处理减少手工操作时间,提高了数据重复性。配合使用不同类型的芯片,Affymetrix GeneChip芯片系统可用于RNA和DNA检测的多方面的应用研究。

Affymetrix芯片采用原位光刻技术和严格的流程控制合成高密度基因芯片,可以在每平方厘米基片上合成超过400万的探针。Affymetrix原位光刻合成技术的原理:先将基片支持物(wafer)羟基化,并用对光敏感的保护基团将羟基基团保护起来。然后选取特制的光刻掩膜(photolithographic mask)覆盖在基片上,遮挡不需要合成的部位,暴露需合成部位。当光通过蔽光膜照射到基片上,需要合成探针的部位透光,受光照射部位的羟基脱保护而活化。加入3’端活化(5’羟基末端连接光敏保护基团)的单一一种核苷酸单体底物后,发生偶联反应。在一轮反应之后更换另一张光掩膜控制活化区域,并换另一种核苷酸单体实现在待定位点合成预定序列寡聚体。光掩膜设计和严格的工艺流程使制造的芯片具有高质量、高重复性和一致性,也确保了芯片上探针合成的极高密度。

为保证建库及测序的质量,接收到的样本必须进行QC,通过NanoDrop、Qubit定量及琼脂糖凝胶电泳、Bioanalyzer 4200等方法进行QC,根据不同的样本类型选取不同的实验方法,并出具详尽的QC报告,为实验提供有力的质量保障。