人全基因组重测序
2017年2月22日
生物谷专访GCBI-其明总经理李奇:GCBI助力精准医学
2017年2月22日

TCGA大数据分析

一、TCGA数据库简介

 

美国政府发起的癌症和肿瘤基因图谱(Cancer Genome Atlas,TCGA)计划,通过应用基因组分析技术,特别是采用大规模的基因组测序,将人类全部癌症(近期目标为50种包括亚型在内的肿瘤)的基因组变异图谱绘制出来,并进行系统分析,旨在找到所有致癌和抑癌基因的微小变异,了解癌细胞发生、发展的机制,在此基础上取得新的诊断和治疗方法,最后可以勾画出整个新型“预防癌症的策略”。

到目前为止,TCGA数据库中已囊括了39个projects,涵盖了29个取样位点(primary sites),共涉及38种肿瘤,14551例病例(cases),共有274724个数据信息(files)。

 

 

TCGA数据库中几乎蕴含了这些肿瘤所有层面的检测数据,包括mRNA、miRNA、甲基化、SNV、临床病理数据。但是遗憾的是,并不是所有数据都会对公众开放。

 

二、产品内容

根据客户需求,整理特定层面数据,包括miRNA,mRNA,甲基化,临床数据等。可以衔接差异筛选、功能富集、靶基因预测、网络分析、生存分析、分子标志物分析等多种生物信息学分析内容,为用户研究疾病的发生发展机制提供理论基础。

本产品由于其独特的性质,具有高度的定制性。具体的工作内容与客户的具体目标和需求直接相关。

 

三、客户提供需求

A、确定研究的癌种

B、确定研究的层面:□ mRNA;□ miRNA;□ 甲基化。

C、明确研究目标:例如分子机制验证、寻找分子标志物、生存分析、肿瘤分子亚型分类。

 

四、分析流程

 

五、结果展示

由于TCGA产品具有高度的定制性,不同的分析数据、不同的分析目标都会得到不同的结果。下面仅展示部分结果样式

A、常规分析

常规分析包括:差异筛选、聚类分析、基因功能分析、PCA分析

B、高级网络分析

主要包括基因间信号转导网络、信号通路互作网络、转录因子调控网络、共表达网络等

C、回归分析

TCGA数据库中存在着大量的临床数据,这些数据可用结合基因检测数据进行复杂的联合分析,比如生存分析。

 

联系咨询,请扫下方二维码!

 

发表评论

电子邮件地址不会被公开。 必填项已用*标注