人全基因组甲基化测序

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人全基因组甲基化测序

DNA甲基化是重要的表观遗传学标记信息,通常抑制基因表达。真核生物中的甲基化仅发生于胞嘧啶,即在DNA甲基化转移酶(DNMTs)的作用下使CpG二核苷酸5’-端的胞嘧啶转变为5’-甲基胞嘧啶。DNA甲基化这种DNA修饰方式在不改变基因序列前提下实现对基因表达的调控。人DNA的甲基化状态与生长发育调控密切相关,比如在肿瘤发生时,抑癌基因CpG岛以外的CpG序列非甲基化程度增加,CpG岛中的CpG则呈高度甲基化状态,导致抑癌基因表达的下降。获得全基因组范围内所有C位点的甲基化水平数据,对于表观遗传学的时空特异性研究具有重要意义。

全基因组DNA甲基化测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing,WGBS)是将重亚硫酸盐处理方法和Illumina HiSeq高通量测序平台相结合,对有参考基因组的物种在全基因组水平进行高精准甲基化研究。上海其明以新一代高通量测序平台HiSeq X Ten为基础,进行低成本、高效率、高准确度的全基因组DNA甲基化水平图谱绘制,从而帮助您在细胞分化、组织发育等基础机制研究以及人类健康与疾病研究奠定基础。

技术优势

  • 高覆盖度

全基因组范围内定量的分析甲基化位点,精确绘制全基因组甲基化图谱。

  • 高分辨率

亚硫酸氢盐测序法(Bisulfite sequencing PCR,BSP),是将Bisulfite处理与高通量测序技术相结合,从而来绘制单碱基分辨率的DNA甲基化图谱,单碱基分辨率精确检测每一个甲基化位点的状态。

亚硫酸氢盐法:用亚硫酸氢盐处理基因组DNA,可使所有未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶不变。经PCR扩增后变成T,与原本具有甲基化修饰的C碱基区分开来。

  • 流程

  • 生信分析

 

  • 产品参数
产品类型 平台 推荐数据量 周期
全基因甲基化测序 HiSeq X (PE 2*150) 2G/4G/6G clean data 45天
表达谱测序 HiSeq X (PE 2*150)  5M/10M/20M 30天

  • 样本要求
样本种类 单个样本量 注意事项
动物组织 ≥300 mg 浓度:>25 ng/uL

纯度:OD(260/280)=1.8~2.0

血液样本 ≥1 mL
细胞样本 1×10^6个 25cm 塑料培养甁(5×10^6个)

75cm 塑料培养甁(2×10^7个)

DNA样品 ≥2 ug 浓度:>50 ng/uL

纯度:OD(260/280)=1.8~2.0

OD(260/230)≥2.0

RIN值≥6.5

常见问题

1全基因组甲基化测序有哪些优势?
在全基因组水平,单碱基分辨率检出甲基化位点,不仅能够高精度发现CpG岛等常见区域的甲基化水平的变化,还能够分析gene body区,基因间区等区域的甲基化水平的差异,分析甲基化对染色体的状态以及基因结构变化的影响,从多维度分析解决生物学问题。
2全基因组甲基化的测序深度为多少?
为了进行全基因组水平的甲基化分析, 建议测序深度为物种基因的大小的30-50倍。
3全基因组甲基化(WGBS)相对于其他甲基化测序的优势在哪?
目前DNA甲基化测序的主要有WGBS、MeDIP与RRBS,其中MeDIP无法达到单碱基甲基化的分辨率,而RRBS一般选择甲基化程度较高的区域进行分析,无法获得全基因水平的甲基化状态。

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