靶向捕获测序

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靶向捕获测序

靶向捕获测序是通过定制基因组目标区域的探针,与基因组DNA进行杂交,将目标区域DNA富集后进行高通量测序的技术手段。通过对大量样本的目标区域研究,有助于发现和验证疾病相关候选基因或相关位点,在临床诊断和药物开发方面有着巨大的应用潜力。

技术优势

  • 针对性强,更经济有效

适合大样本量研究和验证项目的开展

  • 覆盖度更深

更深的覆盖度提高了对目标区域内稀有变异的检测能力

 

应用方向

 

 

  • 流程

 

  • 生信分析

 

  • 产品参数
产品类型 平台 推荐数据量 周期
靶向捕获测序 HiSeq X (PE 2*150) ≥90G clean data

测序深度 30×

30天

样本种类 单个样本量 备注
新鲜及冻存样本DNA ≥0.5 ug 浓度:≥20 ng/ul
FFPE样本DNA ≥1 ug 浓度:≥20 ng/ul

案例一:

题目:

结肠癌新突变基因及预后特征的研究

研究背景:

结肠癌(CRC)是第三大类常见的癌症,死亡率居于癌症死亡率的前四,它的发病率在全世界范围内迅速增长。CRC的治病特点是基因突变导致原癌基因激活,抑癌基因失活。并且,最近十年,在癌症方面,研究者的研究正在从单基因突变研究转向基因异常的鉴定。起初,人们用PCR技术来绘制CRC的基因图谱。随着新一代测序技术的发展,在常见突变中发现了新的基因。研究者推测可以使用基因组数据来预测CRC疾病的研究。

研究方法:

本案例利用外显子测序确定22个CRC病人的体细胞突变,然后用靶向捕获测序验证187个与pathway相关的基因。

结论:

通过对CRC样本的研究,发现基因与CRC的发病机制有很大的关系,并且发现7个显著性基因,其中包括4个(APC, TP53, KRAS and SMAD4)已经报道过的和3个(CDH10, FAT4 and DOCK2)新发现的,表现出高突变率以及高于预想数量的非同义突变。为了本项研究,选择了5个与生存相关的基因。研究显示,突变组的平均存活时间80.4个月,而对照组的平均存活时间为42.4个月。这项研究的预后意义也已经用TCGA的数据进行了验证。

参考文献:

Yu J, Wu WK, Li X, He J, Li XX, Ng SS, et al. Novel recurrently mutated genes and a prognostic mutation signature in colorectal cancer. Gut 2015;64:636.

常见问题

1靶向捕获测序的结果更加准确可靠吗?
是的,靶向捕获测序的优势就在于针对性强和测序深度高,可以检测到低频或罕见突变,测序结果可以作为已获得结果的补充,而且检测到的变异信息非常准确。故不仅常被作为候选基因变异的验证方法,同时能高效助力于对于大样本人群的疾病已知基因的深度挖掘,以得到基于低频或罕见突变的新发现。
2为什么选择Agilent SureSelect XT Custom体系的探针包?
相对于同类的其他捕获系统,Agilent SureSelect XT Custom液相靶向序列捕获平台国际认可度高,是国内唯一一款单样本捕获测序的产品,避免了混样捕获造成的样本不均一性。

 

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